Bokt.nl

Nederlands PSSM Facebook forum schreef:

Paul Szauter Post on the US Forum:
On May 21, several people shared an email from Stephanie Valberg about a paper that she had coming out that she claimed showed that the genetic variants in EquiSeq's Myopathy Panel were not associated with MFM in Warmbloods. The paper has appeared:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32453872/
Unfortunately the paper is behind a paywall, but has been widely distributed in violation of copyright by Eleanor Kellon.
EquiSeq's latest blog post is a detailed response to this paper. You can see the blog post here:
http://equiseq.com/blog/warmblood-myofibrillar-myopathy
The first thing to say about this paper is that it contains errors that were not identified by the process of peer review. There are two major errors:
1. The authors give the correct genomic coordinates for the P2 variant of MYOT, but incorrectly identify the change to the MYOT protein caused by the P2 allele. It is possible for anyone with access to the internet to verify that the authors incorrectly state the change to the MYOT protein caused by the P2 variant. Please see the detailed instructions here:
http://equiseq.com/blog/warmblood-myofi ... myopathy...
2. The authors incorrectly state, without providing any evidence that allows their work to be reproduced, that the human MYOT protein has one of three different amino acids at the position of the equine P2 variant of MYOT. We have used public information to show that this is also incorrect. Any person with moderate skill in bioinformatics can entirely replicate our analysis using the information posted here:
http://equiseq.com/blog/warmblood-myofi ... myopathy...
We have written to the editor of the Equine Veterinary Journal asking them to publish a written correction to this paper addressing these two points.
We discuss other aspects of the paper in our blog post. There is room for a difference of opinion on much of this, so of course these aspects of the publication can be left for the judgement of other readers.
Much of the blog is necessarily technical, but there are three points that every horse owner should come away with from this paper.
First, the publication of this paper in its present form is a failure of the process of peer review. The errors that we have pointed out are apparent to any person with moderate skill in the field (for example, an undergraduate with exposure to bioinformatics from a course). These errors should have been obvious to most of the authors, who do not appear to have reviewed the entire manuscript with care prior to agreeing to be listed as authors. These errors should have been obvious to any reviewer of moderate skill making an honest effort to review this paper.
Second, this is an opportunity to see if the editors of the Equine Veterinary Journal have a sufficient commitment to professional and scientific integrity to publish a correction, whether or not the authors consent to it.
Third, horse owners will doubtless be able to read statements from various people involved in this field that this paper "proves" things that it does not. You can read our views on what conclusions can be drawn from this paper here:
http://equiseq.com/blog/warmblood-myofi ... myopathy...
This message has been posted to the EquiSeq Facebook page to allow sharing.



VERTALING:
Op 21 Mei 2020 deelden verscheidene mensen een email van Stephanie Valberg over een paper die zij publiceerde ,welke volgens haar zeggen bevestigd dat de Equiseq varianten niet geassocieerd kunnen worden met MFM in warmbloedpaarden. De Paper is hier gepubliceerd: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32453872/
Helaas zit de paper achter een “ betaalmuur”, maar is, ondanks dat het een schending van auteursrechten is, op veel plaatsen gedeeld door Eleanor Kellon. Equiseqs blogpost hieronder is een gedetaileerde reactie op de paper: http://equiseq.com/blog/warmblood-myofibrillar-myopathy

Eerste punt van kritiek op deze paper is dat het fouten bevat die niet zijn opgemerkt door het PEER -REVIEW proces. Er zijn 2 grove fouten gemaakt:
1.De auteurs geven de correcte genoom coordinaten voor de P2 variant van MYOT, maar identificeren de verandering aan het MYOT eiwit veroorzaakt door het P2 allel incorrect. Het is voor iedereen met toegang tot het internet mogelijk om te verifieren dat de auteurs incorrect stellen dat de verandering aan het MYOT eiwit veroorzaakt wordt door de P2 variant. Voor gedetailleerde instructies zie deze link: http://equiseq.com/blog/warmblood-myofi ... myopathy...

2.De auteurs stellen incorrect,zonder het verschaffen van enig bewijs dat zou toestaan hun werk te reproduceren, dat het menselijke MYOT eiwit 1 van de 3 verschillende amino-zuren heeft op de positie van de paardenvariant P2 van MYOT.We hebben publieke informatie gebruikt om aan te tonen dat dit incorrect is. Iedereen met gemiddelde vaardigheden in de bio-informatica kan met behulp van de informatie in de post hieronder de analyse van Equiseq volledig repliceren. http://equiseq.com/blog/warmblood-myofi ... myopathy...

Equiseq heeft schriftelijk verzocht aan de Equine veterinary Journal om een correctie te publiceren aanaande deze twee grove fouten. Zij bespreken andere aspecten van de paperin hun blogposts. Er is ruimte voor een verschil van mening hierover,dus deze punten laten we ter beoordeling van andere lezers. Veel van de Blog is noodzakelijk technisch,maar er zijn 3 punten die iedere paardeneigenaar mee moet nemen na het lezen van deze paper: Ten eerste is deze paper in zijn huidige vorm een aanfluiting voor het proces van PEER REVIEW.De grove fouten die we hierboven hebben uitgelegd zijn voor de hand liggend voor elke persoon met gemiddelde vaardigheden binnen dit gebied.Het ziet er niet naar uit dat de auteurs zelf of anderen voor hen de Paper hebben nagekeken.Ten tweede: dit is een gelegenheid om te zien of de redacteurs van The Equine Veterinary Journal voldoende toewijding heeft om uit professionele en wetenschappelijke integriteit een rectificatie te plaatsen, of de auteurs er nu mee instemmen of niet. Ten derde, paarden eigenaren zullen zonder twijfel her en der lezen dat deze paper zaken bewijst, wat het niet doet.De visie van Equiseq op welke conclusies er getrokken kunnen worden uit deze paper kun je hier lezen: http://equiseq.com/blog/warmblood-myofi ... myopathy...