Bokt.nl

**Geplaatst door de TopicStarter** : 16-04-12 13:54

Geplaatst door de TopicStarter : 16-04-12 13:54

Ik heb soms ook het gevoel dat ik een tijdje niks zit te doen, maar als ik dan vertel wat ik de afgelopen anderhalve maand al heb bereikt krijg ik alleen maar bijzonder positieve feedback, dus zal het wel goed zijn :Y)

Ik merk ook dat het me gewoon weer meer moeite kost om na te denken. Als ik een paar uur bezig ben geweest om een onderzoeksvoorstel op te stellen, of experimenten te bedenken, dan is mijn concentratie ook gewoon op

Lang leve een jaar hersenloos onderzoek doen :')

2 aanstormende promovenda!

Familierecht en archeologie, wat een uiteenlopende onderwerpen allemaal! I like

Veel succes toegewenst in ieder geval!

Arabesk schreef:
Ja destijds ik wel, het schoot echt niet op, er waren geen monsters en kon niets onderzoeken en om nou twee jaar lang 8 uur per dag literatuur te gaan lezen

Op een gegeven moment was ik het zat en heb mijn ontslag ingediend...

Heel flauw maar.... er waren geen monsters? :')

Ik zou toch zweren dat er monsters bij ons in de bosjes zitten (als ik m'n knol moet geloven in ieder geval)

Maar twee jaar lang alleen literatuur onderzoek doen is spijtig ja.. wel knap dat je je ontslag in hebt durven dienen.
Wat voor soort onderzoek zou je moeten doen dan? Wat voor onderwerp?

**Geplaatst**: 16-04-12 14:04

Geplaatst: 16-04-12 14:04

Het lijkt mij ook absoluut geen makkelijke beslissing, om je PhD aan de wilgen te hangen. Knap! Wat zijn je vervolgstappen daarna geweest?

Ik ben data na aan het rekenen, output van verschillende sensoren aan het vergelijken. En ik kom er niet uit

Momenteel beetje gedoe met begeleider waardoor ik niet naar hem toe wil stappen hiermee, dus bah.

**Geplaatst**: 16-04-12 14:23

Re: PhD's?

Geplaatst: 16-04-12 14:23

Waar loop je tegenaan Vientje?
Ik heb een tijd met de statistiek lopen prutsen. Op zich had ik zelf dan wel een idee wat ik wilde, maar geen idee hoe ik dat uit het statistiek programma kreeg. Bij mij ging het om het vergelijken van expressie van verschillende eiwitten, ik vermoed dat de statistiek die jij wil doen redelijk overeen zal komen.
Waar werk je mee?

**Geplaatst**: 16-04-12 14:30

Geplaatst: 16-04-12 14:30

Dit is nog niet zo zeer statistiek, ben echt punt voor punt handmatig aan het vergelijken of output van de ene sensor gelijk op loopt met de andere. Dus, als sensor 1 zegt "proefpersoon gaat zitten", zegt sensor 2 dat dan ook. Op de ms precies graag. Op zich lijkt dat simpel, ware het niet dat er bij de ene methode stukjes in de data missen (uitpuzzaelen waar precies), en de schalen van de data niet overeenkomen (seconden vs. minuten, makkelijk om te rekenen maar wel weer een stap extra).

op basis van wat ik nu zie moeten we besluiten of deze data plausibel zijn met deze tijdschaal, en liefst ook een automatisch systeem ontwikkelen om de vergelijking tussen beide door de computer uit te kunnen laten rammelen ipv handmatig. Ivm die missende stukjes....vrees ik het ergste voor dat laatste

En daarna gaat het pas naar SPSS voor ICC's en percentage overeenkomsten e.d.

Laatst bijgewerkt door Vientje op 16-04-12 14:37, in het totaal 1 keer bewerkt

**Geplaatst**: 16-04-12 14:33

Re: PhD's?

Geplaatst: 16-04-12 14:33

Aha... dan kan ik je helaas ook niet een klein beetje helpen.
Met SPSS, "R" en CLCbio ben ik inmiddels redelijk handig...
Succes!!

**Geplaatst**: 16-04-12 14:39

Geplaatst: 16-04-12 14:39

Ik ben met SPSS ook vrij handig, begeleider is vast ook zwaar teleurgesteld dat ik dit niet zomaar voor elkaar krijg (en zijn idee over de combi Vientje-data/statistiek is al niet al te rooskleurig, ondanks dat ik nog geen mm SPSS heb gezien en alleen maar dit soort dingen waar ik dan weer géén ervaring mee heb). Maar dit is helaas niet zo simpel als het lijkt -O-

Balen, wil het gewoon duidelijk hebben!

**Geplaatst**: 16-04-12 14:52

Re: PhD's?

Geplaatst: 16-04-12 14:52

Maar ehm, kun je die data dan niet in een nieuwe kolom middels de optie "compute varïabele" aanmaken en dan daarin waarden geven van 0 en 1 (of 2 er bij voor mijn part) en dan coderen dat 0 is als beide sensors nee zeggen, 1 als sensor a ja zegt en sensor b nee en zo verder, dan krijg je een gecodeerde nieuwe kolom met die opties...

**Geplaatst**: 16-04-12 15:26

Geplaatst: 16-04-12 15:26

Dat was mijn eerste approach idd, spot on

Dat lijkt ook de logische oplossing, iig voor een algemeen beeld van de data zonder geautomatiseerde verwerking.
Maar aangezien er stukken missen bij eentje, moet je dus eerst alles door om die stukken boven water te krijgen. Lijntje in kolom A is niet altijd op hetzelfde tijdstip als lijntje in kolom B, terwijl je wel tijdstippen vergelijkt.
Ter inventarisatie heb ik wel enkele files zo uitgewerkt (sequencing), maar in the long run is dat niet handig. We gaan voor de vergelijkingen daarom gebruik maken van Matlab, maar daar moet eerst nog een automatisch script voor geschreven/aangepast worden op basis van mijn bevindingen nu. Waar ik dus een hard hoofd in heb of dat gaat lukken

Morgenmiddag toch maar gaan bespreken.

Laatst bijgewerkt door Vientje op 16-04-12 15:28, in het totaal 1 keer bewerkt

**Geplaatst**: 16-04-12 15:28

Re: PhD's?

Geplaatst: 16-04-12 15:28

Wat jij beschrijft zou ook als log in "R" geschreven moeten kunnen worden, of wellicht bestaat dit al als package.
Heb je Google al geprobeerd? Of heb je wel hulp van een bioinformaticus ofzo?

**Geplaatst**: 16-04-12 15:30

Geplaatst: 16-04-12 15:30

Mijn begeleider is een whiz in dit soort data, en daarbij hebben we informatictechnici bij het bedrijf waarvan onze sensoren zijn zitten. Maar af en toe moet ik met mijn "SPSS"-minded hersentjes toch zelf stukken hiervan oppakken want kan moeilijk álles door anderen op laten lossen, met deze dilemma's ten gevolg

**Geplaatst**: 16-04-12 15:35

Re: PhD's?

Geplaatst: 16-04-12 15:35

Daar heb je helemaal gelijk in.
Mocht je nog een boek zoeken voor SPSS, dan kan ik je het SPSS boek van Andy Field aanraden, bij de Bol voor 50 euro geloof ik.
Heerlijk simpel omschreven, wanneer gebruikt je welke test, hoe klik je dat aan in SPSS met printscreens en daarna ook nog uitleg met welke cijfers je uit de enorme tabellen met output nou eigenlijk wil hebben en hoe schrijf je dat op in een paper.

**Geplaatst**: 16-04-12 15:36

Geplaatst: 16-04-12 15:36

Nickeltje schreef:
Wat jij beschrijft zou ook als log in "R" geschreven moeten kunnen worden, of wellicht bestaat dit al als package.
Heb je Google al geprobeerd? Of heb je wel hulp van een bioinformaticus ofzo?

Klopt, er bestaan voor sequencing en micro-array R packages. Ik ben er zelf niet bekend mee, maar ik kan eventueel wel navraag doen. Feit blijft dat je daar ook je eigen aanpassingen in zal moeten maken en dat je je heel goed moet bedenken wat je nou aan het analyseren bent.

Ik heb tussen september 2004 en september 2008 als AiO gemaakt. Ik sta inmiddels voor de keuze: proefschrift afmaken, of niet? Ik vind het heel lastig...

**Geplaatst**: 16-04-12 15:40

Geplaatst: 16-04-12 15:40

Wat zijn de voor- en nadelen van afmaken? En hoe veel werk kost dat nog?

We gaan het vooralsnog in Matlab proberen, aangezien eerdere efforts daarin ook goed konden. Dit is wel weer een stapje lastiger, maar daarin hebben we iig de basis algoritmen klaarliggen

Ik ga "R" wel even noteren en wat over inlezen, just in case we vastlopen en een plan B nodig hebben. Thanks!

Field is idd super $_/-\o_$ Die staat staat hier in de kast, en ziet er zwaar mishandeld uit door het vele gebruik

**Geplaatst**: 16-04-12 15:42

Re: PhD's?

Geplaatst: 16-04-12 15:42

Qua werk: het is altijd meer werk dan je denkt, dus ik ga er maar vanuit dat het nog veel werk is. Het meeste werk zal liggen in mezelf motiveren en die motivatie vervolgens volhouden. Van mijn begeleiders hoef ik dat niet te verwachten

**Geplaatst door de TopicStarter** : 17-04-12 10:01

Geplaatst door de TopicStarter : 17-04-12 10:01

$_/-\o_$ FIELD! HELD! $_/-\o_$
Dankzij Field ging mijn statistiek cijfer van een 5 naar een 8,5 :+:

Statistiek... Daar zie ik ook nog wel tegenop.
Tijdens mijn studie gewend om veel met statistiek te doen. Eigenlijk alleen maar kwantitatief onderzoek gedaan.
Ruim een jaar niks met statistiek gedaan en nu de omslag naar kwalitatief onderzoek, da's wel even andere koek

Inter-rater-reliability van 80%? Nee joh, het zijn subjetctieve waarde-oordelen

**Geplaatst**: 17-04-12 11:15

Geplaatst: 17-04-12 11:15

Klinkt allemaal wel ingewikkeld met die SPSS. Volgens mij zal mijn eventuele promotie heel anders lopen. Ik hoef helemaal geen onderzoek en statistiek te doen. Alleen maar literatuuronderzoek, een kritische mening hebben en eventueel een oplossing voor een probleem aandragen of in ieder geval zeggen dat er een probleem is

Hoelang denk je nog nodig te hebben Hilli? Het is wel zonde als je 8 jaar werk niet afmaakt.. Hoop dat je nog wat motivatie kunt vinden.

Ik heb mijn opzet bijna af. Ben er nog niet over uit of ik hem vanavond opstuur of volgende week maandag. Ga namelijk 5 dagen weg en wil het eigenlijk voor die tijd opsturen. Maar een frisse blik erop kan ook geen kwaad. Lange leven het niet maken van een afspraak wanneer ik het in moet leveren.

**Geplaatst door de TopicStarter** : 17-04-12 11:23

Re: PhD's?

Geplaatst door de TopicStarter : 17-04-12 11:23

Hilli, wat zijn je argumenten om je proefschrift wel of niet te maken? Lijkt me wel een mooie afsluiter plus publicatie?

SPSS is niet ingewikkeld zolang je Field hebt

Als je toch geen afspraak hebt gemaakt zou ik het volgende week doen Tayga

Vaak haal je er dan toch nog kleine (slordigheids-)foutjes uit..

**Geplaatst**: 17-04-12 16:03

Geplaatst: 17-04-12 16:03

Er gaat niks boven een frisse blik, zou het ook na je weekendje weg doen! Je kunt evt. wel aankondigen dat je het op die dag op gaat sturen, dan hoeven ze zich niet af te vragen waar het blijft.\

Wij hebben een van de beruchte "zwarte" dagen in het traject: sensoren die ons in de steek laten tijdens metingen, computers die niet doen wat ze moeten doen en data opvreten, en verschillende proefpersonen/metingen die de mist in gaan of toch van deelname af zien (terwijl wij er al staan, bepakt en bezakt na een hoop geregel om de meting mogelijk te maken

). En dat allemaal op 1 dag :Y)

Maar: ik had net zowaar een impromptu oplossing voor een probleem waar begeleider geen directe oplossing voor wist, dus werd vanuit overleg door hem gebeld voor info. En het was nog een bruikbaar, to the point en goed antwoord ook nog, punten pour la Vienus -:)

Wordt nog wel eens wat :Y)

**Geplaatst**: 17-04-12 22:20

Geplaatst: 17-04-12 22:20

Hoe gaat dat eigenlijk in z'n werk, aan een PhD beginnen. Moet je daarvoor gekozen worden, of kan je ervoor solliciteren?

**Geplaatst**: 18-04-12 07:41

Re: PhD's?

Geplaatst: 18-04-12 07:41

Dat wisselt. Soms wordt het tijdens een stage gevraagd, mijn plek was echt een vacature waar ik met 8 anderen op gesolliciteerd heb.

**Geplaatst door de TopicStarter** : 18-04-12 07:44

Re: PhD's?

Geplaatst door de TopicStarter : 18-04-12 07:44

Je kan erin rollen via een stage of student/onderzoeksassistentschap, je kan een eigen voorstel schrijven en zelf subsidie aanvragen of je kan solliciteren. Bij mij was het ook het laatste

**Geplaatst**: 18-04-12 08:08

Geplaatst: 18-04-12 08:08

Leuk, leuk een topic voor PhD's! Mag ik ook meekletsen?

Ik ben sinds 1 september 2012 PhD student bij het UMC Utrecht, bij de afdeling Medische Genetica. Ik doe onderzoek naar structurele variatie en mijn 1e project waar ik nu sinds september aan werkt gaat over ovariumtumoren.

Ik heb het er super naar mijn zin, het is lekker druk, leuke collega's, veel eigen verantwoordelijkheid (wat ik zo heerlijk vind). Natuurlijk zit alles niet altijd mee en heb ik er af en toe de balen van, maar dat hoort erbij

.

**Geplaatst**: 18-04-12 08:09

Geplaatst: 18-04-12 08:09

Bij mij ook solliciteren

Ben wel twee keer eerder gevraagd voor PhD's op stage en eerder werk (nadat ik uitgesproken had dat dat mijn gewenste carrièremove zou zijn), maar dat liep steeds spaak op de financiën. Mogelijke begeleiders mochten er daardoor geen tijd in steken.

**Geplaatst door de TopicStarter** : 18-04-12 09:00

Re: PhD's?

Geplaatst door de TopicStarter : 18-04-12 09:00

Tuurlijk, welkom Mirjammie! :wave:

Genetica, cool!

1 september 2012?

Bij mij ging t solliciteren echt reuze snel.
Besloot rond februari dat ik toch weer t academische wereldje in wou, solliciteerde en een maand later was ik er al aan de slag

**Geplaatst door de TopicStarter** : 18-04-12 09:13

Geplaatst door de TopicStarter : 18-04-12 09:13

Aw yeah

6 uur reizen voor een werkbezoek van 2 uur...